自体脂肪填充最明显的缺点是脂肪存活率低。
自体脂肪填充是通过脂肪移植来实现的。如果一次填充更多的脂肪，很容易导致移植脂肪失去血氧供应，导致脂肪钙化或硬化。如果脂肪存活率低，这意味着身体需要多次提取和填充脂肪，这对健康有害。
当自体脂肪填充整个面部时，脂肪提取注意一次到位的原则。如果提取的脂肪细胞完整圆润，脂肪细胞与空气的接触时间会影响脂肪细胞的质量。当脂肪细胞注射到面部的各个部位时，脂肪细胞的注射技术和排练需要医生非常熟练的技术，如果医生没有足够的经验，当注射到面部两侧的对称部位时，两侧的吸收程度可能会有所不同，导致大小脸的现象。
如果自体脂肪填充前消毒不严格，或者手术部位患有慢性炎症，自体脂肪填充容易引起皮肤感染的风险，一般术后5-7天感染部位红肿疼痛，局部皮肤严重潮红、紫色，或针孔不愈合脓现象。
如果自体脂肪填充手术不当，会增加患者血肿或血液渗出的危害。人体面部神经血管较多，皮下组织或其他部位血管较小。如果吸脂时皮肤受损，很容易引起血肿。如果患者有凝血机制障碍，这种现象更容易发生；此外，如果抽脂过程中局部伤口大，组织间隙过大，很容易引起血液渗出和皮肤瘀伤。
自体脂肪填充对分布区域的脂肪量有严格的要求，注射不能太浅或太深，太浅容易导致块，太深会导致效果不明显。因此，自体脂肪填充应遵循少量、均匀分布的原则，一旦出现不均匀现象，需要到医院进行修复治疗。
填充自体脂肪时，如果一次填充的脂肪过多，可能会导致脂肪挛缩和硬结。因此，在做自体脂肪填充时，对医生的经验有严格的要求。脂肪填充过少不能达到效果，填充过多也会造成风险。
在进行自体脂肪填充手术时，如果注射的脂肪组织过多，或脂肪球没有得到足够的营养和损伤，很容易导致损伤的脂肪细胞液化，最终被身体吸收，或脂肪液化的危害。
在这种情况下，需要及时到医院进行穿刺抽出液体，或进行负压引流。
