毛囊炎的治疗方法主要是取决于毛囊炎属于哪种性质，毛囊炎分成感染性和非感染性毛囊炎。感染性毛囊炎如果是细菌感染性，它的症状主要表现出红肿、疼痛，治疗主要是以这种抗炎为主。如果是真菌感染性毛囊炎，主要进行一个抗真菌的治疗。如果发生在头部的毛囊炎，抹药并不方便，就可以采用中医办法。常用配方颗粒，比如花椒、马齿苋、生地榆、苦参、黄柏、蛇床子这样的配方颗粒，用温水化开成糊状后，跟洗发液调在一起进行洗头。如果要是面部的大量的毛囊炎，要考虑会不会是毛囊虫等寄生虫导致，可以通过化验检查，发现有毛囊虫，需进行杀虫治疗，常用的药是甲硝唑，可以口服，可以外用。如果是非感染性的毛囊炎，患者口服了某一些药物，比如有没有激素或抗癌的靶向药，这些药物如果引起的大面积的毛囊炎，治疗上也主要是抗炎药物来进行抑制，最常用的是盐酸多西环素或盐酸米诺环素都可以进行口服。
如果是面积比较大，需口服四环素一类的抗生素，比如盐酸美满霉素、盐酸多西环素进行口服。当然可以选用红霉素类，比如阿奇霉素、克拉霉素进行口服。同时外用一些抗细菌的药膏，比如百多邦软膏、夫西地酸软膏。如果是真菌感染性毛囊炎，这种毛囊炎患者会感觉有轻度的瘙痒，可以对它进行化验，然后局部刮去皮屑后，显微镜下能发现主要是马拉色菌感染，主要进行一个抗真菌的治疗。一般外用药外抹，比如抗真菌的药膏，达克宁、金达克宁或黄帝软膏类。