肛瘘内孔和外口的情况，肛瘘分为单一的内瘘，即盲瘘，仅为内瘘和瘘，但无外口和内外瘘。根据瘘管是否累及肛门直肠环，可分为高位肛瘘和低位肛瘘。根据瘘管的形态可分为直瘘、曲瘘和马蹄形瘘。临床上最常用的分类方法是括约肌瘘，它是最常见的肛瘘类型，包括括约肌肛瘘、上括约肌肛瘘和外括约肌肛瘘。